Sistem aeroponik menyemprotkan larutan nutrisi langsung ke akar tanaman yang digantung di udara. Sistem ini memberikan aerasi yang sangat baik dan memungkinkan tanaman tumbuh dengan cepat. Sistem aeroponik cocok untuk tanaman yang memiliki akar yang tidak terlalu besar, seperti stroberi dan rempah-rempah.
Sistem kultur air menanam tanaman langsung di dalam larutan nutrisi yang diaerasi. Sistem ini sederhana dan mudah dikelola, tetapi membutuhkan lebih banyak larutan nutrisi dibandingkan sistem lainnya. Sistem kultur air cocok untuk tanaman yang menyukai air, seperti kangkung dan selada air.
Pemilihan jenis sistem hidroponik yang tepat sangat penting untuk keberhasilan budidaya hidroponik. Petani harus mempertimbangkan faktor-faktor seperti jenis tanaman, ketersediaan lahan, dan biaya sebelum memilih sistem hidroponik yang akan digunakan.