APRA juga memiliki dampak sosial yang mendalam. Pemberontakan APRA menyebabkan korban jiwa dan pengungsian yang signifikan di Indonesia Timur. Pembantaian Rawagede pada tahun 1947 merupakan salah satu pelanggaran hak asasi manusia terburuk yang dilakukan oleh APRA dan menimbulkan trauma dan kemarahan yang berkepanjangan di kalangan masyarakat Indonesia.
APRA juga memiliki dampak ekonomi di Indonesia. Pemberontakan APRA mengganggu perdagangan dan investasi di Indonesia Timur. Pemberontakan tersebut juga menyebabkan kerusakan infrastruktur dan kerugian ekonomi yang signifikan.
APRA juga memiliki dampak internasional. Pemberontakan APRA menarik perhatian internasional dan menyebabkan kecaman dari negara-negara lain. Pemberontakan tersebut juga merusak citra Indonesia di mata internasional dan mempersulit pemerintah Indonesia untuk mendapatkan dukungan dan bantuan internasional.
