Pemberontakan APRA pada tahun 1950 merupakan peristiwa penting dalam sejarah organisasi tersebut. Pemberontakan ini dipimpin oleh Raymond Westerling, seorang mantan perwira militer Belanda yang menjadi komandan APRA. Pemberontakan tersebut bertujuan untuk menggulingkan pemerintah Indonesia dan mendirikan negara federal di Indonesia Timur. Pemberontakan tersebut akhirnya berhasil dipadamkan oleh pemerintah Indonesia, tetapi menimbulkan korban jiwa yang signifikan dan merusak hubungan antara Indonesia dan Belanda.
Pembantaian Rawagede pada tahun 1947 merupakan peristiwa tragis yang terkait dengan APRA. Pembantaian ini terjadi ketika pasukan APRA membantai sekitar 431 warga sipil di desa Rawagede, Jawa Barat. Pembantaian ini merupakan salah satu pelanggaran hak asasi manusia terburuk yang dilakukan oleh APRA dan telah menimbulkan banyak kontroversi dan kecaman.
APRA secara resmi dibubarkan pada tahun 1951 setelah pemberontakannya gagal. Namun, beberapa mantan anggota APRA terus melakukan perlawanan terhadap pemerintah Indonesia hingga tahun 1960-an. Pembubaran APRA menandai berakhirnya ancaman militer yang signifikan terhadap Republik Indonesia.
