Salah satu dampak sejarah yang paling signifikan adalah terbentuknya konsep desentralisasi dan otonomi daerah. Meskipun Indonesia memilih bentuk negara kesatuan, namun tuntutan daerah untuk memiliki kewenangan mengatur urusan pemerintahan sendiri tetap diakomodasi melalui mekanisme desentralisasi. Konsep otonomi daerah yang diperjuangkan oleh BFO menjadi cikal bakal bagi perkembangan desentralisasi di Indonesia.
Selain itu, persoalan negara federal dan BFO juga berkontribusi pada pembentukan sistem pemerintahan Indonesia. Perdebatan mengenai pembagian kekuasaan antara pemerintah pusat dan daerah melahirkan konsep pembagian kekuasaan (trias politika) yang menjadi dasar bagi sistem pemerintahan Indonesia saat ini.
Secara keseluruhan, persoalan negara federal dan BFO merupakan bagian penting dari sejarah politik Indonesia. Dampak sejarahnya masih terasa hingga saat ini dan membentuk karakteristik sistem pemerintahan dan politik Indonesia. Memahami persoalan negara federal dan BFO menjadi penting untuk memahami perjalanan sejarah dan perkembangan politik Indonesia.
